实践中，此类案件的法律适用仍存在诸多问题。

一是法律责任与违法成本失衡。按《办法》第四十条的规定处罚，仅罚2万元—3万元，而购配成本动辄数百万元，这种“低罚高利”格局，可能导致企业有强烈动机“赌监管宽松”。若按《条例》第二十四条的规定进行处罚，会导致罚款金额极高，可能违反“过罚相当”原则。如宁夏某公司案件中，该公司已补缴配额并修复违法后果，不存在主观过错或加重情节，行政机关未充分考虑相关从轻情节，是否存在“过罚不相当”的问题值得商榷。

统一法律适用标准。一方面，需要制定全国统一的行政处罚裁量基准相关文件，如今后在生态环境法典配套文件中，出台类似《碳排放配额清缴违法行政处罚裁量基准》文件。另一方面，将处罚裁量量化，明确对首次、主动补缴、非主观过错等情形需要从轻或免罚；对数据造假、恶意拖欠等情形需要从重处罚。

完善程序保障机制。首先，明确立案标准，规范证据收集特别是技术性排放数据的取证、固定与审查流程，保障企业对关键证据的知情权与异议权。其次，保障处罚决定作出前程序的实质效力，确保事先告知内容具体、清晰，对符合法定条件的案件依法组织听证，保障当事人就技术争议申请专家辅助、进行有效质证和辩论的权利。再次，规范处罚决定的说理和送达，要求决定书必须详细载明违法事实的认定逻辑、法律适用理由及裁量考量因素，并依法有效送达。最后，畅通救济途径，倒逼程序规范统一落实。

推动“柔性执法”与信用激励。在违法行为发生前，强化行政指导与服务，通过风险提示、合规培训等方式主动预防；在案件处理中，完善分级预警与分类处置，对非因主观恶意且属首次、情节轻微的未清缴行为，依法优先适用责令限期改正等非强制性措施；在裁量环节，将企业主动报告、积极补救、完成信用修复等表现明确为法定从轻、减轻情节；在处罚后，建立健全信用修复与绿色激励通道，引导受罚企业通过技术改造等方式履行社会责任。